Plot introduction
一只巨大的宝可梦，突然凭空降落在正在旅行的小智一行人面前！在因为冲击而扬起的尘土中现身的，是幻之宝可梦波尔凯尼恩。与被人类伤害过的宝可梦们，一起生活在远离人烟的尼贝尔高原的波尔凯尼恩，其实非常讨厌人类。虽然波尔凯尼恩不想理会小智等人，匆于离开他们的身边，但不知为何竟然连小智也一起带走。奔跑的波尔凯尼恩与被拉着的小智，原来他们俩不知晓得什么时候，被一道神奇的锁链绑在一起。这下子，就算他们想分也分不开了。无可奈何的波尔凯尼恩，只有一边拉着小智，一边飞奔跑至阿佐特王国。另一方面，拥有不停转动的巨大齿轮的超级机关城市阿佐特王国的大臣贾维斯，得到他长年所追求的终极发明。那就是500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜，以及据说寄在玛机雅娜体内，被称为魂心的未知力量。贾维斯企图利用这股力量来统治王国，而波尔凯尼恩就是来夺回被人从尼贝尔高原带走的玛机雅娜。人类果然不可饶恕！究竟被绑在一起的小智和波尔凯尼恩，能不能够合力救出玛机雅娜？然而隐藏于魂心中的真正力量又是什么？就是现在，精灵宝可梦史上最炽热的战斗即将开始！
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